Intentos de Fundación
Desde tiempos de la Colonia Española, en 1710, propusieron la creación de la Diócesis de Querétaro. Para 1767 el Excmo. y Rvmo. Arzobispo de México Dr. Don Manuel Rubio Salinas, se expresa así: “Hay en este Arzobispado cuatro Ciudades, además de esta de México, pero la única digna de consideración es para ser sede de una nueva Diócesis es Querétaro que tiene dos parroquias, nueve conventos de hombres y dos de mujeres y asimismo dos casas de recogimiento”.

Consumada la Independencia de México (27 de septiembre de 1821), el Gobierno siguió tramitando el negocio de nuevos obispados, pero el triunfo del partido liberal y la promulgación de la Constitución de 1857 dejaron este problema sin solución.

El 21 de enero de 1861 salieron desterrados del país por orden del Presidente Juárez, cinco Excmo. Prelados, entre ellos don Clemente de Jesús Munguía Obispo de Michoacán, muchas veces durante el destierro habló detenidamente con Su Santidad Pío IX sobre la urgentísima necesidad de erigir nuevas diócesis en la República, lo que se dignó hacer Su Santidad en vista de los juiciosos informes del Excmo. Sr. Murguía.

Esta vez la creación de siete nuevas diócesis, entre ellas Querétaro, fue una realidad, la Arquidiócesis de México a la cual pertenecía Querétaro era extremadamente grande, con todos los climas y todas orografías, las visitas del obispo eran extrañas o desconocidas en las zonas más lejanas.

La fundación de la Diócesis.
La DIÓCESIS DE QUERÉTARO fue erigida gracias a la BULA PONTIFICIA “DEO OPTIMO MAXIMO” del 26 de enero de 1863, de Su Santidad el Papa Pío IX. El 8 de marzo de ese mismo año Su Santidad, Pío IX designo delegado para la ejecución de la Bula al Excmo. Y Rvmo. Primer Arzobispo de Morelia Dr. D. Clemente de Jesús Munguía, quién debido a sus crónicos achaques subdelegó con fecha 17 de noviembre del mismo año, al Ilustrísimo y Reverendísimo Obispo Electo de León Dr. D. Jesús María de Jesús Diez de Sollano y Dávalos.

La ejecución de la Bula se llevó a cabo el 7 de febrero de 1864, así quedó canónicamente instituida como Catedral de la nueva Diócesis la Iglesia Parroquial de Santiago. El Seminario no se pudo establecer en el edificio de los antiguos Colegios de San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier, porque se encontraban ocupados por el Gobierno Civil (desde 1844), éste se estableció en el edificio anexo al templo de San Antonio.

La residencia Episcopal (Casa del Excmo. Sr. Obispo Diocesano), Curia y Cancillería, la Acta Ejecutoria de la Diócesis, en el Artículo XVI, decretaba que se destinasen para esto los anexos de la misma y que estaban destinados para habitación del Párroco, fueran utilizados para este fin, con el arbitrio del nuevo Obispo de que fueron utilizados los edificios que están junto a la Iglesia de la Congregación de B.V. María de Guadalupe, si él así lo eligiera, pero ambos nunca fueron utilizados para este fin.

Obispos.
I. Bernardo Garate López Arizmendi   (1864 -1866)
II. Ramón Camacho García   (1869 – 1884)
III. Rafael Sabas Camacho García   (1885-1908)
IV. Manuel Rivera Muñoz   (1908-1914)
V. Francisco Banegas Galván   (1919 – 1932)
VI. Marciano Tinajero y Estrada   (1933 – 1957)
VII. Alfonso Toriz Cobián   (1958 – 1989)
VIII. Mario De Gasperín Gasperín   (1989 – 2011)
XI. Faustino Armendáriz Jiménez   (2011 ­ actual)